生物处理法在城市污水的处理中使用得比较广泛。城市污水的处理分为三个级别，分别称为污水一级处理、污水二级处理和污水三级处理。污水一级处理就是使用物理处理方法，如格栅、沉淀池等去除水中不溶解的污染物。二级处理应用生物处理法，通过微生物的代谢作用进行物质的转化，将废水中的复杂有机构氧化降解为简单的物质。三级处理是用生物法、离子交换法等去除水中的氮和磷，并用臭氧氧化、活性炭吸附等去除难降解有机物，用反渗透法去除盐类物质，用氯化法对水进行消毒。我国目前正在努力普及二级处理，而二级处理中生物处理是最常采用的方法。
不同的细菌对氧的反应变化很大，一些细菌只能在有氧存在的环境中生长，称需氧细菌(或称好氧细菌)，利用此类微生物的作用来处理废水称为好氧生物处理法。另一些细菌只能在无氧的环境中生长，叫厌氧细菌，相应的处理方法叫厌氧生物处理。介于两者之间的还有兼性微生物(在有氧或无氧的环境中均可生长)，但它们在废水处理中不起主要作用。